W wyborach w 1948 roku w których pozwolono głosować jedynie białym, parlament został zdominowany przez afrykanerską (a przynajmniej przez nich zdominowaną) Herenigde Nasionale Party pod przewodnictwem Daniela François Malana. Partia połączyła się z Partią Afrykanerów i utworzyła tym samym Partię Narodową. Partia miała program otwarcie rasistowski i domagała się poszerzenia segracji rasowej i budowy rasistowskiego ustrojuapartheidowskiego[4].
Przeciwko rasistowskim rządom stanęła istniejąca od 1912 roku organizacja o nazwie Afrykański Kongres Narodowy. Z jej inicjatywy odbyła się Konwencja Obrony Wolności Słowa która przybrała charakter strajku generalnego[5]. Pod wpływem filozofii Mahatmy Gandhiego ANC zdecydowała się na ścieżkę pokojowego oporu połączoną z większym pragmatyzmem[6]. W tym czasie liczby członków Kongresu Narodowego wzrosła z 20 do 100 tysięcy członków. Rząd na wzrost wpływów partii odpowiedział masowymi aresztowaniami a w 1953 roku wprowadził Ustawę o Bezpieczeństwie Publicznym która umożliwiła wprowadzenie stanu wojennego[7].
W kwietniu 1959 działacze niezadowoleni z umiarkowanych poglądów ANC założyli Kongres Panafrykański (PAC). Prezydentem organizacji zostałRobert Sobukwe[8]. Wraz z PANC, ANC w maju 1960 rozpoczęły kampanię antyrządową. Jedna z demonstracji zorganizowanych przez PAC została ostrzelana przez policję w wyniku czego zginęło 69 demonstrantów. Wydarzenie to przeszło do historii jako masakra Sharpeville. Rząd zareagował na zamieszki poprzez ogłoszenie stanu wojennego[9]. W kwietniu rząd zakazał działalności zarówno PAC i ANC[10]. Po masakrze i delegalizacji przez rząd RPA największych organizacji walczących o prawa czarnej większości narodziła się koncepcja walki zbrojnej z reżimem . Przywódcą zbrojnego skrzydła ANC Umkhonto we Sizwe ("Włócznia Narodu") został Nelson Mandela[11][12].
W 1962 policja zatrzymała Mandelę[13]. Działacz oskarżony został o nawoływanie do strajków pracowniczych i wyjazd z kraju bez pozwolenia[14]. 11 lipca następnego roku policja dokonała nalotu na farmę Liliesleaf, aresztowano tam przebywające osoby i znaleziono dokumenty opisujące działalność paramilitarnego skrzydła partii, z których niektóre wymieniały Mandelę. 9 października rozpoczął się następny proces. Mandela wraz z towarzyszami oskarżony został o sabotaż i spisek mający na celu obalenie rządu przemocą[15]. Rząd Republiki Południowej Afryki mimo sprzeciwu zza granicy uznał Mandelę winnym i skazał go na dożywocie[16].
Pod koniec lat 60., działalność ANC przyćmił Steve Biko i Black Consciousness Movement (BCM). BCM widząc ANC jako organizację nieskuteczną wezwała do akcji bojowej, jednakże po powstaniu w Soweto z 1976, wielu aktywistów grupy trafiło do więzień[17]. Z kolei w okresie reform Pietera Willema Botha narodził się Zjednoczony Front Demokratyczny (UDF). Rząd Partii Narodowej Botha pozwolił kolorowym i Hindusom na głosowanie do własnych parlamentów, które miały kontrolę nad edukacją, służbą zdrowia i mieszkalnictwem. Z systemu wykluczono jednak czarnych Afrykanów[18]. W latach 80. w całym kraju nasiliła się a wiele osób obawiała się wybuchu wojny domowej. Pod presją opinii międzynarodowej, banki światowe zatrzymały swoje inwestycje w kraju co doprowadziło do stagnacji gospodarczej[19]. ANC w 1986 dokonał 231 ataków zbrojnych a w 1986 235 następnych. Rząd wykorzystał do walki z ANC armię i prawicowe bojówki. Potajemnie zaczęto finansować nacjonalistyczny zuluski ruch Partia Wolności Inkatha który rozpoczął ataki w kierunku członków ANC[20].